メディアにアップロード出来ません

画像ファイルをアップロードしようとすると、「アップロードされたファイルが php.ini の upload_max_filesize ディレクティブを越えています。」と表示され画像のアップロードが全く出来ません。

サーバーはサクラを使用しており、php.inには
post_max_size = 100M
upload_max_filesize = 100M　
を記述。
管理画面でも最大アップロードサイズは100Mになっていますが全く画像のアップロードができません。
どんなに小さなサイズの画像にしてみてもアップロードができないのです・・・

・サクラサーバー
・バージョン5.3（5.4でもできません）

この状態で有料テーマのアップロードも出来なかった為、テーマはFTPでのアップロードを行いました。
テーマはFTPで入れることが出来たので、画像の方もFTPでのアップロードも試みてみたものの、
/home/ドメイン/www/wphp/wp-content/uploads/へアップロードし、プラグインMedia from FTPを使ってみましたが、項目が見つかりませんでしたのまま全く反映されませんでした。

長年ワードプレスを使用していますが（サーバーは別のところを使っていました）、このような状況に陥ったことが初めてて対処法が分かりません。

解決方法がお分かりになる方はいらっしゃいませんでしょうか・・・。

メディアが使えないとどうにもならず・・・