ライセンス認証が必要なテーマについて

販売者（配布者）には確認を取ろうと思っています。

確認取るのが最善ですね。
登録知れば幾つまではOKというのがありますね。
わたしが利用しているテーマは、サイトURLを登録するようになってます。そうしないとテーマのアップデートが受けられない仕組みで、テーマ配布元のサーバーからダウンロード・アップデートされる仕組みになってます。当然、カスタマイズの状況は配布元に取得されてます。

これって、ソースコードをテーマの編集と同じコードをデフォルトのテーマに張り付け、それを編集すれば、良いかと思っているのですがいかがでしょうか？

できることはできるとは思いますが、やってもよいかどうかについてはライセンスの内容によります。
有料ライセンスとのことですので、改変はNGの可能性も多々あります。

そのあたりも含めて、このフォーラムでは有料テーマについて確かな回答はできかねるということをご留意ください。

有料テーマについては、

販売者（配布者）には確認を取ろうと思っています。

これが一番確実です。