ローカル環境での複数のサブドメインのファイル位置

投稿にアップロードした写真、音声などメディア・ファイルは、wp-contentディレクトリに uploads が作成され、ここに格納されています。
投稿記事内容は、 ”wp_”に指定したデータベースのテーブルに格納されています。

アクセスのリクエストがあると、データベースから要求される項目を取得して、テンプレートの支持に従って表示する仕組みです。
ですから、ファイル実態は無いような有るようなってシステムだとざっくり理解してます。

マルチサイトの利点は、複数のWordPressサイトをひとつのデータベース、特権管理者は統括した管理画面で使えるところだよね。
だから、WordPressのインストールも一式で良いし、どれだけのサブドメインのサイトを運用していてもメンテナンスは一回で済む。

だから、uploads ディレクトリに全てのサイトからアップロードしたファイルが有ります。

index.php の他に、index.html で運用したい場合
拡張子が.html（または、.htm）の状態で、PHPスクリプトを実行させるには、.htaccessに次のいずれかの記述を追加します。

AddType application/x-httpd-php .php .html

AddHandler application/x-httpd-php .php .html

.htmでHTMLファイルを作成しているときは、上の記述の最後を、.htmlではなく、.htmに変えてください（よくわからなければ、「.php .html .htm」と３つ書いてください）。

blog1, blog2… と作ったサイトには、『参加サイト』のプルダウンで選んで入れますし、『ネットワーク管理者＞全てのサイト』で移動できますよね。

だから、全てのWordpresファイルを追加インストールする必要はないでしょう。

複数のサイトを運用していてもファイル位置は一式ということになります。
(F)wp-admin
(F)wp-content
(F)wp-includes
.htaccess
index.php
license.txt
readme.html
wp-activate.php
wp-blog header.php
wp-comments-post.php
wp-config.php
wp-cron.php
wp-links-opml.php
wp-load.php
wp-mail.php
wp-settings.php
wp-signup.php
wp-tracback.php
xmlirpc.php

.htaccess で記述がない標準の設定のままである場合、index.htmlもしくは index.htm があると優先されますから、index.php が読み出されないので WordPress が稼働しません。頭の隅に記憶しておきましょう。

結論からすると、Blog1やBlog2というファイルは必要ないということですね？

ざっくりしてますが、その理解でいいでしょう。

FTPを使って、複数あるサイトのうちの一つだけをアップロードしたりダウンロードする場合

とは、利用意図はどういうことなのだろう。

ローカル環境で構築した。とあることから、インターネット上への公開時に公開サーバーのWordPressにデータを移すことを考えてのことでしたら、エクスポートしてインポートすればいいでしょう。

最初に答えた通り、記事内容はデータベースにあるのはご存知でしょう。

投稿にアップロードした写真、音声などメディア・ファイルは、wp-contentディレクトリに uploads が作成され、ここに格納されています。
投稿記事内容は、 ”wp_”に指定したデータベースのテーブルに格納されています。

FTP でアクセスしているのはサーバーのファイルですものね。Wordpressそのもの、つまりはコアプログラムと各サイトが機能するための、つまりはテンプレートがあるだけです。
カスタマイズを追加していれば、該当ファイルはバックアップの必要も有るでしょうが、wp-config.php と uploads ディレクトリがあれば、全部失ってもインストールし直すだけです。