不明な Maximum execution time エラー

こんばんわ、astro_girlです。

当方、以下の環境にてWP2.5を稼動させておりますが、
先日より、以下のエラーが頻発しております。

Server:CentOS4.6
Apache:2.0.52
PHP:4.3.9
MySQL:4.1.20

PHP Fatal error: Maximum execution time of 60 seconds exceeded in /home/tettan/public_html/wp-includes/wp-db.php(その他post.php) on line 169(行はちょくちょく変わります)

これはphp.iniの max_execution_time を 0 にしてデーモンを再起動させても発生します。
他にphp.iniが多重していないか、他のコンフィグで同様の設定がないか、phpinfoの確認など
原因を探しましたが、
php.ini以外に設定されている項目はありませんでした。
なお、上記エラーが起こるPHPファイル先頭に
set_time_limit(0); を記述しても変化はありません。

現状、ページの展開が遅い意外に障害は出ておりません。
どなたがご教授よろしくお願いいたします。