同一サーバーで複数ドメインを運用する際に、サイトアドレスの変更が一つしか反映できない

レンタルサーバーに複数ドメインを登録し、それぞれサイトアドレスを変更しようとしても一つしか反映することができません。何か良い方法はないでしょうか？

Aレンタルサーバー
www
/aaa
/wp
/bbb
/wp2
/ccc
/wp3

元々のアドレスはそれぞれ
http://aaa.com/wp
http://bbb.com/wp2
http://ccc.com/wp3
になりますが、ワードプレスのサイトアドレス(URL)を(wp,wp1,wp3)を抜いたものを設定したいです。

設定はindex.phpと.htaccessをそれぞれのドメイン(aaa,bbb,ccc)直下にコピーし、
index.phpはrequire(‘./この部分を（wp,wp2,wp3）に変更/wp-blog-header.php’);を変更し、
htaccessは、
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index.php$ – [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
という記述のものに変更しています。

一つ目のドメインはうまく行きましたが、二つ目以降は同様の手順を行ってもうまくいきません。
サイトアドレスをhttp://bbb.com/変更し、該当URLを開くと500-internal-server-errorによって
表示がされません。設定をもとに戻すとhttp://bbb.com/wp2で表示することは可能です。
サイトが表示されない間でも管理画面は表示変更可能です。

ご教示ください。どうぞよろしくお願いいたします。