投稿ページ自体を生成させなくする方法は分かりませんが、投稿ページへリンクしなければ良いのではないでしょうか。
ただ、archive.phpや、index.phpなど様々な箇所から投稿へのリンクがあると思いますので、カスタマイズする箇所は多いかもしれません。
twentysixteenでは、archive.php、index.php、search.phpなどからtemplate-parts/content.phpを読み込んで使っているので、テーマによっては一箇所をカスタマイズすればほとんどの箇所に反映できるかもしれません。
しかし、ウィジットやプラグインで投稿へのリンクを表示している場合はそれらをどうするのか、という問題は残ってしまいますが。
twentysixteen template-parts/content.phpの場合の変更例
<?php the_title( sprintf( '<h2 class="entry-title"><a href="%s" rel="bookmark">', esc_url( get_permalink() ) ), '</a></h2>' ); ?>
↓
<h2 class="entry-title"><?php the_title() ?></h2>
ご回答ありがとうございました。
やはりズバリの解決策はないみたいですね。。
投稿ページへリンクさせない、というのは1つの方法ですが、何かの拍子に検索エンジンにインデックスされてしまうのが怖いんです。（リンクがなければクロールされることはないので大丈夫だと思いますが・・）
カスタム投稿を使う、というのもちょっと面倒なので、single.phpは404.phpへリダイレクトする、というのがベターなのかもしれないですね。
