特定のカテゴリのときだけ記事が非表示

※親、サブカテともに設定してあることが前提です。

通常、親カテ+サブカテ+記事とすると
hoge.com/oyakate/subkate/kiji

ですが、ある特定のカテゴリのときだけ
hoge.com/oyakate/kiji
と特定記事が非表示になります。

なぜ特定カテゴリのときだけこのようなことがおきるのでしょうか。
対応策を知りたいです。

※パーマネントリンク設定は
カスタム構造です。
hoge.com/%category%/%post_id%/

※両方共親、サブともに設定してあることが前提です。