特定のフォルダのみメディアライブラリに登録する方法

FTPでアップロードした画像を同期するプラグインにflash uploaderというプラグインがありますが、なんでもかんでも同期してしまうようです。今回、同期したくない画像がたくさんあり、困っています。

特定のフォルダに入った画像を登録するプラグインやコード、もしくはflash uploaderのパスなどをいじって指定のフォルダのみにカスタマイズすることはできないでしょうか。

やりたいのは、指定のフォルダのフルサイズのみメディアライブラリに追加し、アイキャッチ画像として追加したいです。お手数おかけしますが、ご回答もらえると助かります。