特定条件でWP-PageNaviの最終ページの内容が空白になってしまう

カスタム投稿タイプの記事をWP-PageNaviを用いて一覧ページに表示させています。
当初、2ページ目以降で404となるため、あれこれ対策を行った結果

●functions.php

add_rewrite_rule('post_type/(.+)/page/([0-9]+)/?$', 'index.php?terms=$matches[1]&paged=$matches[2]', 'top');

function change_posts_per_page($query) {
    if ( is_admin() || ! $query->is_main_query() )
        return;

    if ( $query->is_archive() ) {
        $query->set( 'posts_per_page', '3' );
    }
}
add_action( 'pre_get_posts', 'change_posts_per_page' );

とすることによって、概ね正常に動くようになりました。

ところが、以下の条件を満たした場合、最終ページの$postが空っぽになってしまいます。
（404ページではありません。ページャー自体は機能しています）

・「表示対象となる投稿の数」が2件以上
・「表示対象となる投稿の数」をposts_per_page の設定値で割った際に、余りが1となる

他にも、発生条件は分からないものの
明らかに表示されるべき記事がループから除外されてしまう時があります。
（最終ページに関連して発生している、ということ以上は分かりません）

原因や対処法をご存知の方がいれば教えて頂けると幸いです。
よろしくお願いいたします。