自作テーマのCSSなどの階層につてい

WordPress初心者で初投稿です。
自作テーマを作成した時に、CSSやjsの格納場所について、一般的な事を知りたいです。

・themesの中にまとめてCSSやJS等を格納する。
・ルート直下にCSSやJSフォルダを作成して格納する

前者が一般的だと思っていたのですが、最近制作したWordPress(構築は外注)は、ルート直下に格納し、テンプレートにベタ書きでした。
確かにソースはhttp://xxx/wp-content/themes/xxx/css/common.cssのように長ったらしくならなくすっきりして分かりやすいのですが、制作者としてはどちらが正解なのでしょうか。

よろしくお願い致します。