表示設定後、個別ページの内容が表示されなくなる

うーん、ちょっと情報が少なくてヒントが出しにくいですね。。。
経験上思い当たるのは、.htaccessファイルが正しくないとか、生成されてないとか、でしょうか。

確認したいんですが、

TOPに表示されない上に、その個別ページもNot Foundと表示されてしまいます。

1.ここで出るNotFoundページは、WordPressが出しているもの（お使いのテーマが適用された状態でエラー表示が出る）が、サーバが出しているもの（デザインも何も適用されてなくて、白地に黒文字の味気ないエラー表示）が、どちらか分かりますか？

2.サーバ内の、WordPressをインストールした階層に.htaccessファイルはありますか？
もしあれば中身がどうなっているかおしえてください。

3.マルチサイト機能は使っていますか？

4.お使いのサーバのサービス名やプラン名などわかればそれも提示お願いします。