複数サイトの運営でサブドメイン設定？？

それぞれ別個のHPとして検索結果に出るのが目的です

その記事に書いてある通りです。
ひとつのドメインとして強化したいなら下層におけばよいですし、別タイトルとしてブランディングしていきたいなら別ドメインにすればよいと思います。

ちなみにGoogleは、下層のコンテンツが「（人間の印象として）同じサイト」かどうかという判断はそもそもしてないと思います。これはあくまで個人的印象なので鵜呑みにはしてほしくないですが。

もしご質問の意図がAという検索ワードで親サイトも子サイトもヒットさせたいということであれば、サブディレクトリでは難しいと思います。

親サイトはAというワードで、子サイトはBというワードでヒットさせたい、ということならサブディレクトリで育てていくのもよいと思います。

どちらにせよここはWordPressのフォーラムなので、私の中途半端な経験論よりも、SEOの専門家にきかれたほうがよいと思いますよ。