親ドメインにindex.phpを置かない方法

サーバーの設定によるとは思いますが、DirectoryIndex という設定がありまして、URLがディレクトリ名で終わる場合、どのファイルを探しに行くかという設定があります。これが index.html のほうが優先順位が高いので、これが表示されるんですね。

これをサブドメイン等で切り分けるには、DirectoryIndex の設定を変更し、index.php が先に読み込まれるようにした上で、index.php を編集して

<?php 
if( $_SERVER['HTTP_HOST'] == 'example.com' ) {
   include 'index.html';
   exit();
}

みたいなコードを書けば一応実現はできるかもしれないです。
ですが、かなりトリッキーなやり方ですし、オススメはできないです。

index.html の内容を元にWordPressのテーマを作成し、それを example.com のサイトに適用するのが一番スマートかなと思います。