設置ディレクトリのURLを変更したところ、ホームへのリンクが別窓で開い

WordPressの設置ディレクトリとは違うディレクトリのURLに変更したところ、
ホームへのリンクが別窓で開いてしまいます。

ディレクトリ構成は以下です。
下記URLを参考に変更しております。
http://suirakukai.com/wordpress/22/wordpress-change-in-directory/

exsample.com ――― /cms ※Wordpress設置ディレクトリ
　├―index.php
　├―.htaccess

＜htacsessの記述＞

AddHandler application/x-httpd-php53 .php
# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress

＜index.phpの中身＞

<?php
/**
 * Front to the WordPress application. This file doesn't do anything, but loads
 * wp-blog-header.php which does and tells WordPress to load the theme.
 *
 * @package WordPress
 */

/**
 * Tells WordPress to load the WordPress theme and output it.
 *
 * @var bool
 */
define('WP_USE_THEMES', true);

/** Loads the WordPress Environment and Template */
require('./cms/wp-blog-header.php');

移動するまえは、リンクは通常どうり、同窓で変わっていたのですが、
移動すると、ホームへのリンクのみ別窓で開きます。

お手上げ状態です。。なんとかご教授いただけますと幸いです。
宜しくお願致します。