適用テンプレートの固定方法について

複数のカスタム投稿タイプの各シングルページに共通して適用するためのカスタムテンプレートを作成し利用しています。
ところが、記事公開後、内容の追加修正等のためリライトして更新した際にいつの間にかデフォルトテンプレート（index.php）になってしまうことがたびたびあります。
適用されるテンプレートを固定する、またはデフォルトテンプレートが適用されないようにする方法がないものか、お教えいただけると幸いです。