長いアドレス表記を省略する方法

index.phpとstyle.cssが同じディレクトリにあっても、style.cssと表記するだけでは呼び出せないのですが

これはテーマフォルダの同じ位置にあってもという意味ですよね？
wordpressはテーマが変更になれば呼び出すフォルダそのものが変わってしまうので当然絶対アドレスで記述する必要があります。この辺はお分かりだと思うのですが、ならば・・・
url=”/style/style.css”などのようにサイトトップからの絶対指定にして該当場所にフォルダを作成しcssファイルを置けばアクセスできるはずです。その代わりテーマの変更には対応できませんが・・・（特定のテーマ内の記述になるので他のテーマに切り替えればそのcssファイルが使用されなくなるだけで他のテーマが使えなくなるわけではありません）