2.6アップグレード　個別記事が開かない

2.5から2.6へアップグレードしたのですが、個別記事やアーカイブが開けなくなってしまいました。

404 Not Found

になってしまいます。トップページや「次のページ」といった一覧は開けます。編集も開けますが、コメントは開けません。

2.5へ戻せば問題なく個別ページも開けます。

Debian GNU/Linux 4.0 (etch)
PHP: 4.4.4
MySQL: 5.0.32

プラグインはすべて止めてみました。テーマもデフォルトのものも試してみました。
ブラウザはLinux、Windowsでそれそれいくつか試してみましたが同様でしたのでブラウザ側ではないと思います。

どなたかお知恵をお貸しいただけるとありがたいです。