4.7.2アップグレードでオプション表示項目が標準のものだけになってしまった

お世話になっております。

バージョンアップを行うために開発環境で現在アップグレードテストを
行っております。

開発環境はFTP、閲覧共にIP制限を設けております。
この関係で自動アップグレードが出来ずに、手動アップグレードにて、
アップグレードを行ったのですが、上手くいかなかったようで、
Custom field templateなどの標準以外のオプション表示の項目が
消えてしまい、投稿画面で表示されなくなってしまいました。

プラグインが最新バージョンに対応していないのかとも思い、
別で立てたプレーンなワードプレスにcustom field templateをインストールすると
動作したので、アップ時のファイル差し替えのミスを疑っております。

ただ、どの対応をすれば復旧するかがわからずでお知恵をお借り
できればと思います。
宜しくお願いします。