404エラーの転送は検索でどうなるのでしょう？

テーマはyuuta、サーバーはロリポップを使っています。

ロリポップはwordpressデータを、ロリポップドメイン（ロリポップから提供されるドメイン）の下のフォルダに入れる仕様になっています。（ロリポップドメイン/下層フォルダ）
訳があって独自ドメインを登録する前に、公開しなくてはいけなくなり、このロリポップドメイン/下層フォルダのＵＲＬで公開しました。

で、現在は独自ドメインで公開できているのですが、google検索ではこのロリポップドメイン/下層フォルダのＵＲＬで上がってしまっています。そのＵＲＬで開くと404エラーになります。

そこで現在はfunctions.phpにリダイレクトのコードを入れて、正しい独自ドメインに転送かけています。ですが、google検索上では設定から２週間経っても相変わらず、ロリポップドメイン/下層フォルダのＵＲＬがあがっています。

この方法ではいつまでたっても独自ドメインが反映しないのでしょうか？
それともwordpressの設定で何か対策があるのでしょうか？

ロリポップに問い合わせると、ロリポップドメイン/下層フォルダのＵＲＬを見に行くのはwordpressの仕様だからロリポップとしては何もできないと言われてしまいました。

どうかお知恵を拝借ください。