all in one securityのaios-bootstrap.php削除

all in one securityのフォーラムが英語だったので、こちらに入力させて頂きます。

＜経緯＞
現在、さくらサーバにてドメインとサブディレクトリの両方を使っております。
両方にall in one securityを入れたのですが、サブディレクトリ（Welcart）がうまく動かなくなり、サブディレクトリからall in one securityのプラグインを削除し、サーバに残っていたAIOSファイルも削除しました。

それでもうまく作動しないため、サーバのサブディレクトリに残っていたaios-bootstrap.phpを削除し、.htaccessからAIOS関連の記述を削除するつもりが、担当者との行き違いによる誤操作により、間違えてメインドメインの方から削除してしまいました。
ただ、管理画面ではプラグインが有効化されて残っており、ログイン画面がAIOSで設定した画面から入れることから、まだAIOSは有効になっているようです。

＜現状＞
メインのドメイン
・.htaccessからAIOSの記述は削除済み
・aios-bootstrap.phpは削除ずみ
・管理画面でプラグインが有効
・AIOSが効いていると思われる

サブディレクトリ
・.htaccessからAIOSの記述は削除済み
・aios-bootstrap.phpが残っている
・管理画面からプラグインは削除済み
・AIOSが効いていると思われる

質問１：
できればこのままメインのドメインからもAIOSを削除して別のセキュリティプラグインを使いたいのですが、無効化してサーバのAIOSのフォルダも削除すれば大丈夫でしょうか。
調べていたらAIOSはデータベースの中からも削除しなければいけない等の記載があり、ファイルマネージャーから削除してもデータベース（PHP My Admin）で効いていて、別のセキュリティープラグインの動作とぶつからないか心配しております。

質問２：
サブディレクトリにはall in one securityのaios-bootstrap.phpが残っていて、依然としてうまく動作しない（商品詳細画面が「見つからない」になります）のですが、このファイルを削除すると重大な不具合が起きると書いてあります。（メインのドメインからはうっかり削除してしまいましたが）
この場合、aios-bootstrap.phpのファイル名を変更しても、同様に問題が起きるものでしょうか。

よろしくお願い致します。