All in One SEO Packが出力するcanonicalの不具合について

「ページネイションをCanonical URLsにしない」にチェックを入れるとどうなりますか？

パーマリンク設定を数字ベースにした場合に、そのような URL になるようです。
All in One SEO Pack プラグインの不具合の可能性が高そうです。プラグインサポートページで報告するといいかと思います。

応急処置としては、下記のように aioseop_canonical_url フィルターフックで書き換えるといいかもしれません。

function filter_aioseop_canonical_url( $url ) {
	global $page;
	if ( is_single() && $page >= 2 ) {
		$url = wp_get_canonical_url();
	}
	return $url;
}
add_filter( 'aioseop_canonical_url', 'filter_aioseop_canonical_url', 10, 1 );

function filter_aioseop_canonical_url( $url ) {
	global $page, $post;
	if ( is_single() && $page >= 2 ) {
		$post_page_count = substr_count( $post->post_content, '<!--nextpage-->' ) + 1;
		if ( $page <= $post_page_count ) {
			$url = wp_get_canonical_url();
		} else {
			$url = get_permalink( $post );
		}
	}
	return $url;
}
add_filter( 'aioseop_canonical_url', 'filter_aioseop_canonical_url', 10, 1 );