All In One WP Migrationでのサーバー移行について

はじめて利用させて頂きます。

現在KDDIのCPIサーバーより、XServerへの乗り換えを行なっております。

その際データの移行をAll In One WP Migrationで行なっておりますが、
移行完了後のデータを確認すると、インストールフォルダが2重に設定されており、
正常に動作いたしません。
例：設定ディレクトリ　root/wp/
　　移行後ディレクトリ　root/wp/wp/

hostファイル変更での確認なので、正常ドメインでは試しておりませんが、
現在の状態のままでは移行が行なえないので、どなたかご助言をいただければと思います。