All in SEO でgoogleアナリティクス設定の件

以前の「質問」と同様、ソースコードを観て、トラッキングコードが重複しているのか確認しましょう。
All in One Seo パックプラグインが設定していることは、コメントアウト内にあるので比較しやすいですよ。
Googleアナリティクスコードは、「UA-105793443-5」と記述があるので、Consoleと間違いがないか確認しましょう。
そして、プラグインで設定することと直接ヘッダー内にコード書くことは同じこと。子テーマを作成していないと、テーマの更新時にヘッダー内に書いた記述は消えてしまいますよ。

Google Analyticsのトラッキングコードは、たびたび新しいバージョンがリリースされます。

ご自身で貼ったものは分かるとのことでしたが、他方が古いものです。

■ご自身で貼られたもの

    <!-- Global site tag (gtag.js) - Google Analytics -->
<script async src="https://www.googletagmanager.com/gtag/js?id=UA-105793443-5"></script>
<script>
  window.dataLayer = window.dataLayer || [];
  function gtag(){dataLayer.push(arguments);}
  gtag('js', new Date());
  gtag('config', 'UA-105793443-5');
</script>

■古いもの（All in One SEO）

            <script type="text/javascript" >
                window.ga=window.ga||function(){(ga.q=ga.q||[]).push(arguments)};ga.l=+new Date;
                ga('create', 'UA-105793443-5', 'auto');
                // Plugins
                
                ga('send', 'pageview');
            </script>
            <script async src="https://www.google-analytics.com/analytics.js"></script>
            <!-- /all in one seo pack -->

analytics.jsを読み込むscriptタグの違いや、gtag('config', 'UA-105793443-5');という書き方などが異なることがおわかりかと思います。

つまり、現在のAll in One SEOの仕様では、All in One SEOでSnalyticsを設定することと、ご自身でトラッキングコードを貼ることは全くの同義ではありません。

ただ、All in One SEOが吐いているタグでも一般的なAnalyticsの利用では問題がありませんので、どちらを残してもAnalyticsでは正しくトラッキングされるものと思いますが、結果を見てみないことには何とも言えませんし、なんの保証も出来まさん。

また、仮にall in one seo のほうを削除した場合、ページごとに先ほどの記述を張り付けるのですよね？

もうすでにページごとにご自身で貼られたものが全てのページに入っているようです。
トラッキングコードを貼った対象のファイルはheader.phpでしょうか？
header.phpに書かれたものは、基本的には全ページに反映します。
でしたら、All in One SEOのものを消しても、何もする必要がありません。