AntiVirusプラグイン（Ver.0.5）の挙動について

こんにちは。
現在下記環境でWordpressを設定しています。
・Wordpress2.8.6
・PHP5.2.11

テーマはiNoveやAtahualpaを使用しておりますが、Atahualpa（ver.3.4.4）においてウイルス感染しているとの警告が出たため、手動スキャンを実施しました。
その結果、例えば「/themes/atahualpa/functions/bfa_footer.php」の「… ss2_url’); $bfa_ata[‘bloginfo_rss2_url’] = ob_get_contents(); ob_end_clean();」が該当しておりますが、こういったところは削除することで対処するのでしょうか？

他にも20カ所ほどあり、Atahualpaテーマをフォルダごと上書きしても直らないためウイルス感染時の手法についてご教示願います。