BackWPUpでバックアップに抜けがある

いつもお世話になっております。
BackWPUpプラグインについて同じ現象の方がいらっしゃるか聞きたく投稿しました。

BackWPUpを使用してバックアップを取っているのですが、wp-content下の「themes」と「uploads」のバックアップが取れていません。除外設定は行っておらず、またBackWPUp導入後最初のバックアップでは上記二箇所のバックアップも正常に取れていました。
しかし二度目以降のバックアップでは「themes」と「uploads」のフォルダ自体バックアップに存在しません。
バックアップという最後の砦部分なので不安なく運用したいと思い、些細なことが気になってしまいます。
そもそもこれが正常な動きなのでしょうか。一度目は全部取って次からは変更のあったところだけバックアップするみたいな。

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wordpressバージョン：
4.2.2

BackWPUpバージョン：
3.1.4

サーバ：
レンタルサーバ名「ネットオウル」
PHPバージョン「5.3.3」

BackWPUp設定：
dropboxにバックアップを保存。保存時にエラーは検出されていない。スケジュールのみ初期設定から変更しており、特に除外設定は行っていない。

その他：
あからさまにバックアップの圧縮フォルダサイズが減っている。また一回目のバックアップでもthemesの中に初期から入っているテーマ（ Twenty Fifteen等）はバックアップされていなかった。
一回目「34.91MB」
二回目以降「8MB弱」