BackWPupのJob DestinationにFTPを設定するチェックボックスが出てきません

readme.txt読みましたか？

* To use the Plugin with full functionality PHP 5.3.3 with mysqli, FTP,gz, bz2, ZipArchive and curl is needed.

サーバーがこの要件を満たしていなければ動作しません。
尚、上記要件をクリアした自分の環境で言語ファイルを作りながら
試験した限りではチェック可能でFTPの項目も設定可能です。

自分の場合バックアップにプラグインは使用していませんが、
バックアップファイルはローカルPCへ保存しています。
・1日1回のみPC起動時に自動でサーバーと同期して
バックアップファイルをダウンロード。
・週3回のみPC起動時にバックアップ専用のNASを自動起動させPCから
バックアップファイルをNASへ転送し、終わったらNASの電源を自動でOFF。

こんな感じで勝手に行わせています。
と云う事で、サーバーから転送せずとも取りに行く方法もあります。
これなら保存先に余計な穴を開けなくてよいと云うわけです。