BackWPupの使い方について

何かファイルを上書きして壊してしまった〜という場合には、uploads でも構いませんが、通常は gblsm さんご指摘のように、別サーバーがよいと思います。また投稿や固定ページなどのバックアップ（データベースのバックアップ）は、WP DBManager等他のプラグインも利用すると良いと思います。BackWPupは、フルバックアップではありますが復元は手動でやる必要があります。
WP DBManagerなどは、復元はプラグインで出来ます。ただしデータベースのみのバックアップと復元なので、フルバックアップ（WordPressのファイルやフォルダ＋データベース）は別途必要ではありますけどね。