CSSも動的に作成されるんでしょうか？

Suffusionは、WordPressを使い始めた時から使っています。

少し前のバージョンから仕様が多少変わったのですが、何も書いてないので現時点での最新版である3.7.8であると勝手に前提します。

ダッシュボード側外観に「Suffusion Options」というのがあるはずなので、そこでいろいろ設定できますからお好きにどうぞ。

質問されている「#wrapper」のwidth: 1000px; を変更したいというだけなら、style.cssの当該部分を変更するだけかもしれませんね（未検証）。

Suffusionはかなり独自性の強いテーマなので、カスタマイズする際は独特な方法をとらないといけないなどの点もあり、人によっては利用が難しいテーマだと思います。

テーマには珍しく非常に活発な作者自ら運営しているサポートフォーラムがあるのですから、そちらで要望など出してみることをお勧めします。