Custom Post Type UIで作成したカスタム投稿タイプをメインクエリで表示する方

Custom Post Type UIで「flower」というカスタム投稿タイプを作成し、
カテゴリ「shop」にいくつか投稿しましたが、
shopのリンクを開いても何も表示されませんでした。

試行錯誤しているうちに、

<?php
	if(have_posts()):
		while(have_posts()): the_post();
?>
			<a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php the_title(); ?></a>
<?php
		endwhile;
 	endif;
?>

の部分を

<?php
	//追記１、２を追記
	query_posts('post_type=flower&category_name=shop'); //←追記１
	if(have_posts()):
		while(have_posts()): the_post();
?>
			<a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php the_title(); ?></a>
<?php
		endwhile;
 	endif;
	wp_reset_query(); //←追記２
?>

というようにquery_postsでメインクエリを上書きしたところ表示されました。
このquery_posts中のpost_typeをpostにすると表示されません。

ここで、
flowerのAdvanced Optionsの設定内容を確認したところ、
利用タイプ ?という項目にpostと書かれていました。
この利用タイプにpostと書かれていたからって、
post_type=postじゃ表示されないのかな？と思いました。

メインクエリ（URL）でpost_typeを指定することもできるのでしょうが（現在のURL&post_type=flower）、
このshopカテゴリにはflower以外にもtreeというカスタム投稿タイプの投稿も表示したいと考えていますし、
パーマリンク設定の/%category%/%postname%/というカスタム構造そのままでいければ、と思っています。

post_type=postで表示されるならそのどちらも表示できると考えているのですが、
Custom Post Type UIの設定に足りない部分があるのでしょうか？
何が足りないかとかは設定内容を公開していないので、みなさまに分かる訳がありませんので、
どう設定すればよいのかご教授願います。

＜追記＞
functions.phpに

function shop_posts_per_page($query) {
    if ( is_admin() || ! $query->is_main_query() )
        return;

    if ( $query->is_category() ) {
        $query->set( 'post_type', array('flower','tree') );
    }
}
add_action('pre_get_posts','shop_posts_per_page');

と記述したところどちらも表示されるようになりました。
このやり方で良いでしょうか？
（カテゴリ名がshopの時だけという条件の追記は必要ですが）