Custom Post Type UIのタクソノミー設定について

Custom Post Type UIを使用し、カスタム投稿タイプとタクソノミーを作成しています。
投稿タイプスラッグは works
タクソノミースラッグは works_category
としています。

各ページの表示用にテンプレートは
archive-works.php
taxonomy-works_category.php
single-works.php
と作成しました。

works一覧ページのurlは
http://hoge.local/works/
と表示され問題ないのですが、

worksカスタム分類の一覧ページのurlは
http://hoge.local/works_category/sample/
と表示されるので、
http://hoge.local/works/sample/
変更したく、works_categoryの設定でカスタムリライトスラッグにworksと記述しました。
結果、上記urlの表記に関しては希望通りになり解決しましたが、
カスタム投稿のシングルページで適用されるテンプレートがsingle-works.phpではなく、index.phpに変わってしまいました。これは、仕様なのでしょうか？それとも、他に設定の変更が必要な部分があるのでしょうか？