Custom Post Type UIを使用しタクソノミー、タームを設定しても未分類になる

現在WordPressにてカスタム投稿を新しく設定し（Custom Post Type UI）
紐づけでタクソノミー、タームも設定しているのですが、
カスタム投稿から書いた記事の分類が「未分類」となります。

デフォルトの投稿にある未分類に入っている事になっていると思うのでずが。。

この分類を上記で設定したタームの分類（スラッグ）にしたいのですがどうしたらいいでしょうか？

現在の設定

カスタム投稿タイプ works
タクソノミー zirei
ターム　shop shinchiku reform (3つ設定)

カスタム投稿から記事を書き、タームにもチェックを入れているのですが何故かパーマリンクが

http://ドメイン/works/未分類/投稿タイトル/

となります。

パーマリンクの設定は
Custom Post Type Permalinks
のプラグインを導入して

/%category%/%postname%/

で設定しております。

こちらが何かバッティングしているのでしょうか？

また各ターム記事一覧ページは

taxonomy-zirei-shop.php
http://ドメイン/works/zirei/shop/

などで表示はされます。

どなたかお分かりの方どうかご教授お願い致します。