Exec-PHPを使い記事にPHPを入れビジュアルで編集できない

Exec-PHPを使って、ＴＯＰページの記事に投稿記事一覧を表示させています。
htmlで編集したら問題ないのですが、ビジュアルで編集すると
<a href="<?php the_permalink(); ?>" title="<?php the_title(); ?>"> <?php the_title(); ?></a>とういうようなところが、
<a title="<?php the_title(); ?>" href="http://●●/%3C?php the_permalink(); ?>"><!--p the_title();--></a>
というように変換されてしまい、
ちゃんと表示されなくなってしまいます。
これを回避する方法はありますでしょうか？