FTPでアップグレードを行う場合の注意点

利用しているプラグイン、テーマが3.6に対応しているか、まず確認しておきましょう。
公式ディレクトリで配布されているものであれば、100%ではありませんが、それぞれのプラグインページで配布中のバージョンがどのWordPressのバージョンまで利用できるか掲載されています。

それと、アップロードする前に、ファイルのバックアップを取っておき、万が一不具合が発生したときでも戻せるようにしておきましょう。

それと、編集したテーマが、3.6にも含まれているのであれば、そのテーマを除いてアップロードする必要があります。