FTPの直接あげても反映されない

WordPressがインストールされているディレクトリのwp-contentフォルダのthemesフォルダの、今表示してるテーマのフォルダの中にあるheader.phpに正しくFTPしましたか？
FTPソフトの表示にはheader.phpが現在の時間で更新されているかどうか確認しましたか？

テンプレートファイルの問題なのか、FTPの問題なのか。
まずはそこをはっきりしないと、反映されてない理由がわかりにくいです。

まず、問題解決のためのチェックリストに書かれているように、WordPressがインストールされている環境や使っているテーマなどの情報がなければ、あいまいな回答しか出来ません。

FTPに問題がないのであれば、

1. header.phpというファイルが正しい場所にFTPされていない
2. header.phpのファイル名が正しくない（全角英数など）
3. 表示しているテーマフォルダの中にはいっていて、その表示しているテンプレートの中にheader.phpを表示するテンプレートタグが書かれていない

など考えられます。