functions.phpが反映されません。

初めてWordPressでサイトを作りました。バージョンは昨日アップデートして3.5.1です。

　アイキャッチ画像のサイズを変更しようとfunctions.phpの内容を書き換えたのですが、反映されません。　
　バージョンアップした頃からfunctions.phpの変更内容が反映されなくなってしまいました。キャッシュ系のプラグインの影響かと思い確認しましたが、ダメでした。
　テーマ編集から直接書き換えてみましたが、ファイルは書き変わりますが、生成されているhtmlを見ると反映されていません。もちろんサイト表示も変わりません。
　functions.phpのヘッダー画像サイズを変更した所、ダッシュボード→外観→ヘッダーの所の推奨サイズは変更が反映されました。

　どこかでキャッシュされているのかと思い、一晩置いてみましたが何も変わりません。どうしたらいいでしょうか。