galleryについて

WordPress3.5から 画像IDの指定方法が ids というパラメーターになって、
includeと同じ働きをするので、別に変えなくても問題無いと思いますが？

http://codex.wordpress.org/Gallery_Shortcode

投稿したページを見ると、ギャラリーにギャラリー以外の写真まで表示されてしまい困っております。

それは ids=”” で指定された画像（アタッチメント）ID以外の画像もギャラリーに含まれている、という事ですか？

「問題解決のためのチェックリスト」を読んで、
デフォルトテーマ、全てのプラグインをオフ、で試しましたか？

デフォルトでは問題なく動きます

という事であればお使いのテーマに何かしら問題がある
（極端にいうとWordPress3.5に対応していない）
あるいはgalleryショートコードを何か上書きしている可能性があるので、
デフォルトテーマとお使いのテーマを見比べてみてください。

※一般に配布されているテーマで（カスタマイズしていない）あれば、
　テーマ名と配布元とを提示すれば回答がつきやすいかも

デフォルトテーマで問題無くて、オリジナルのテーマで問題があるなら、
その辺のコードなどを提示しないと誰も回答できないですよ。

どうしても自作テーマで対応なさるのなら、galleryショートコードを自作テーマでハックしてみてください。
（この辺のやり方は検索するとたくさん出てきます）