googleにインデックスされるURLがおかしい

googleにインデックスされるサイトのURLが一般設定で指定した

サイトアドレス(URL)の
http://hogehoge.com/

ではなく

http://hogehoge.com/wp/
とWordPress アドレス (URL)のインストールしたディレクトリ/wp/が入ってしまいます。

例）
http://hogehoge.com/archives/381←ホームページ上で見れるURLでインデックスされない
http://hogehoge.com/wp/archives/381←ホームページ上で見れないURLでインデッスされる

googleにいくつもページがインデックスされているのですが
すべてのページが404になります。
SEO関連はAll in One SEO Packのプラグインを使っています。
サイト自体はhttp://hogehoge.com/以下で問題なく表示されています。

非常に困っているのでどなたか解決策をご存知の方おりましたらご指南下さい。