header.phpなどはどこで分離すべき？

カスタマイズから「Static Front Page」で、表紙にするページとブログリストを表示させたい固定ページを選びます。固定ページとして作成済みのページをプルダウンで選択できるので、区別は容易でしょう。

再優先を選択するわけでなく、front-page.php → home.php → index.php とあるテンプレートを、フロントページが指定した固定ページに適応されます。

• この返信は6年、 10ヶ月前にCGが編集しました。理由: テンプレートの件を追加

「まず最初に学ぶべきWordPressの本質」の理解を踏まえた上ですが、自然と身についていることで実務で左右されるものとは違うようです。そして、すべてindex.phpに集約してしまうので無くて、すべてをindex.phpで賄えると読み替えることが佳いでしょうか。一般投稿や固定投稿、カスタム投稿タイプなどの単独でも、投稿一覧も、テーマのフォルダ内に、index.phpが一つあれば、それらを表示できるといえます。
single.php があれば、単独の表示のさせ方を変えることが出来る。archive.php があれば、投稿やカテゴリーの一覧の表示のさせ方を変えることが出来る。home.php があれば、表紙のページの表示のさせ方を変えることが出来ます。暗黙する必要なく、オープンで数理的ではありませんか。
header.php,page.php,footer.phpである必要もなく、サイトが表示された時にhtmlの構文が成立するように、繰り返し使うheader.php,footer.phpを必要以上に生成させること無く、page.phpからheader.php,footer.phpを呼び出しています。footer.phpにJS、たくさんのコードがあって集成の必要があっても一つのファイルの編集で済ませられると合理的ですよね。

マルチサイトということで、『カスタマイズから「Static Front Page」で、表紙にするページとブログリストを表示させたい固定ページを選びます。』とマルチサイトを示しました。テーマは、標準的にインストールされるTwentyFifteenです。テーマ次第で表示箇所は異なります。
自作テーマに機能が装備出来ていないものと推察します。標準テーマや公開されているたくさんの無料テーマが参考になるでしょう。

今日は、15時まではブログ更新中ですから、こちらのフォーラムもチェックしています。どこで躓いているのか、ポイントを明示されれば参照を用意できます。その後は仕事の後、夜間２つのマルチサイト構築をしますので、しばらくアクセスできません。

マルチサイトでも、それぞれのサイトのダッシュボードのUIはシングルサイトと同じです。

固定ページを新規作成後、サイトのカスタマイズ『固定フロントページ』でプルダウン選択します。

自作テーマが有効中であっても、「ライブプレビュー」で動作を確認して、設定を済ませてから有効化するか判断しています。別のテーマの有効化は必ずしも必須ではありません。「まず最初に学ぶべきWordPressの本質」からも読み解けることですが、上書きの心配があれば自作テーマ名で回避します。
それに、マルチサイトですから、試用サイトでの比較は便利ですね。

サイトのカスタマイズで『固定フロントページ』を選択

作成してある固定ページからプルダウン選択します。「フロントページ」と「投稿ページ」共に同様です。