header.phpなどはどこで分離すべき？

https://ja.wordpress.org/support/topic/%e3%82%a4%e3%83%b3%e3%82%af%e3%83%ab%e3%83%bc%e3%83%89%e3%81%97%e3%81%a6%e3%82%82navgation%e3%81%8c%e8%a1%a8%e8%a8%98%e3%81%95%e3%82%8c%e3%81%aa%e3%81%84%e3%80%82/
の続き

下記の質問がのこっているのですが、再質問にしました。
教えていただければ幸いです。

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また、index.phpがnavigation.phpのカレントなら下記のようにしても問題ないのですね。
トップ以外のhtmlは子フォルダにまとめたいので下記のようにしても問題ないでしょうか。
<?php get_template_part( ‘./html/navigation’ ); ?>

ただ拡張子がいらない理由がよくわかりません。

また、実際の仕事ではフルスクラッチと違ってhtmlファイルはすべて、index.phpとカレントディレクトリに入れるという暗黙のルールがあるのでしょうか？
footerなどもbody終了タグはindex.phpにあえて残しその上のみを外部化するという暗黙のルールがあると聞きますがどうでしょうか。
navigation.phpなどすべてインクルードする外部ファイルはあえてindex.phpに終了タグを残すべきでしょうか？
その様にする理由はここまででheaderは終了だよとindex.phpを見た時にわかるようにあえて切りの悪い終了タグの前までしか分離しないという認識でよろしいでしょうか？

ただfooter.phpはJSなどもありbody終了タグ以降にたくさんのコードがあるのですが、それでもこの形でよいのでしょうか？