.htaccessの作成について（リダイレクト）

記述されているドメインそのままの場合のみ転送されるかと思いますが
転送されるまえにディレクトリの一覧表示を許可されているので
あまりよろしくない状態かと思います。
.htaccess はどこに設置されているのでしょうか。
ディレクトリごとの上位動作になるのですが最初にアクセスする位置の属性が
優先されるように配置をするのがよいと思います。
またドメイン名のみを書いた場合ドメイン名のみで転送をされるようですが
ドメイン以下のページの場合は転送されなくても大丈夫なのでしょうか。

.htaccess は上のものが下にも適用されるのでより上にあれば動作をすると思います。
ただディレクトリがみえてファイルも見えては問題なのでおきまりの設定はつけておいたほうがいいかと思います。
あと正規表現の抽出もそうですがアスタリスクでワイルドカードで抽出条件にした部分は
$1などで取り出せて、前から順に$2、$3といったかたちで取り出せます。
以下のような形でお試しされてみてはと思います。

#フォルダの一覧を表示しない
Options -Indexes
#特定の拡張子（ドット以下の文字）のファイルはアクセスさせない
<Files ~ "\.(htpass|htaccess|txt)$">
    deny from all
</Files>
<IfModule mod_rewrite.c>
#書き換えを可にする
RewriteEngine On
#書き換え条件として状態が旧ドメインである場合
RewriteCond %{HTTPS_HOST} ^good-show.net
#条件適の場合条件以下を前提+条件にて恒久的に転送して完了
RewriteRule ^(.*) https://detokkus.endevperu.org/$1 [R=301,L]
</IfModule>

ディレクトリがそのままでる設定だったと思うので
リダイレクトの節を先にもってきてみてください。

<IfModule mod_rewrite.c>
#書き換えを可にする
RewriteEngine On
#書き換え条件として状態が旧ドメインである場合
RewriteCond %{HTTPS_HOST} ^good-show.net
#条件適の場合条件以下を前提+条件にて恒久的に転送して完了
RewriteRule ^(.*) https://detokkus.endevperu.org/$1 [R=301,L]
</IfModule>
#フォルダの一覧を表示しない
Options -Indexes
#特定の拡張子（ドット以下の文字）のファイルはアクセスさせない
<Files ~ "\.(htpass|htaccess|txt)$">
    deny from all
</Files>

転送されるはずなわけなので禁止は必要ないかもしれないですがほかの方法で同じディレクトリが見れる可能性はあると思うのであったほうがいいと思いますがだめなときは消して見てください。