htaccessの自動書き換えが原因でサーバーエラー500

さくらサーバーを使ってWordPress2.9.1を動かしています。

自動生成されたhtaccessファイルはシステムの変更などによって内容が自動で書き換えられるようですが、この書き換えられた新しいhtaccessの内容が不自然な箇所で改行され、結果的にインターナルサーバーエラー500を起こしてしまう事象が最近起こっています。

　現在はhtaccessを削除して動かしていますが、何が原因か分からず困惑しています。

ちなみに今回エラーが出たタイミングではシステム設定の変更、プラグインの追加や削除などの作業は全く行っていません。ただプラグインを使って、毎日1回自動的にデータベースの最適化とバックアップは行っています。

どなたか同じような例で解決された方がいらっしゃればご教授いただければ幸いです。

＜今回エラーが発生した時点でのhtaccessの内容＞

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine OnRewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

# END WordPress

＜正常に動いていた直前のhtaccess＞

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

# END WordPress