htaccessが自動更新されない

htaccessが更新されなく、パーマリンクが変更されません。
自宅サーバーにWordpressをインストールしました。

Ubuntu desktop 9.10 , PHP5 , MySQL5 , Apache2です。

Apacheでmod_rewrite、FollowSymlinkは有効になっており、
WordPressを配置した/var/www/wordpressのアクセス権は、rootではないユーザーに設定しています。

管理画面でパーマリンク設定をデフォルトから数字ベースに変更しますと、

パーマリンク構造を更新しました。

と現れますが、htaccessの中身は

# BEGIN WordPress
ErrorDocument 404 /index.php
# END WordPress

となっています。

ちなみに、ドメインは
http://hogehoge.net/wordpressから
http://hogehoge.net/に変更されていて、正常に表示できています。
（LAN内の他PCで見るとCSSが反映されていませんが…。）

どうしたらよろしいでしょうか？