htaccessの不要な部分を削除後wp-adminのmimeタイプ（？）などが変容

既に使用していないWPSuperCacheの記述がhtaccessファイルに残っていたので、通常のパーマリンク設定のところのみを残すかたちで削除したところ、

• サイトが表示されなくなってしまった。
• exmanple.com/wp-admin/でアクセスすると、
  次のファイルを開こうとしています。
  ファイルの種類: application/x-httpd-php

  とポップアップのお知らせが出てしまい管理画面にアクセスできない。

といった不具合が生じました。

どうにも手の施しようがなかったのでデータベースを変更して再インストールしたところ、exmanple.com/wp-admin/index.phpとindex.phpを指定するとアクセスできるようになり、またサイトも表示されるようになったのですが、依然以下のような不具合が残ったままです。

1. exmanple.com/wp-admin/ではやはりアクセスできない。
2. ログイン画面でのログインすると上記と同じポップアップウィンドウが出る。
3. ログイン画面でログアウトすると「もう一度お試しください」になる。
4. 使用していたプラグインでインストールできなくなってしまったものがある。

（ただし、2，3いずれもログイン・ログアウト自体はできているようです）

以上、Apacheの問題なのかもしれませんが、対処法などご教示くださると幸いです。

サーバー:Xserver;
Apache:5.8.5;
php:5.1.6;
MySQL:5.0.22;
WordPress:2.7.1;

今にして思うと、htaccessファイル内にあったaddhandler云々の記述（自分が意味も分からず設定したものかも・・汗）があって（サブディレクトリに設置した正常なwordpressではそのような記述がなかったので問題はなかろうと思い）削除したのが原因かもしれません。サーバーでphp5を設定していたのにもかかわらず、問題後確認してみたらphp4に切り替わっていたのも気にかかります。