IEで「is_homeで投稿ページを分岐」が無効？

テーマでは基本的に、 WordPress 側でブラウザ毎に違うコードを出力するというようなことはありません。分岐のコードは PHP としては正しいのですが、 HTML として正しくないのが原因だと思います。
HTML 構造が正しくない場合のレンダリングの補正は、ブラウザごとに実装が異なるのです。
# 上記コードのインデントが全角スペースのようですが、実際は半角スペースですよね?

まずはちゃんとリスト自体は出力されていることを確認するために、IE から投稿ページの HTML のソースを表示してみてください。出力させたい内容が投稿ページのソースにはちゃんと含まれているはずです。

ちゃんと含まれていた場合、 wp_list_categories() は ul 要素の内容として (= ul タグの間に) 記述する必要がありますので、そういう構造になっているか確認してください。それから、直前に “is home” という何もマークアップされていない文字列があることも不正で、これが障っている可能性もありますので、これを削除するかコメント化した状態でテストしてみてください。

<?php if (is_home()) : ?>
<ul>
    <?php echo '<!-- is home -->'; ?>
    <?php wp_list_categories('show_count=1&title_li=<h2>' . __('Categories', 'kubrick') . '</h2>'); ?>
</ul>
<?php endif; ?>

とか。

追記：構造が正しく、しかもソースでは出力されている場合は、 IE6 の CSS のバグがおいたをしているか、 CSS の指定が正しくない可能性もありますね。確か Default テーマでカスタマイズをされていたと記憶しているので、それはありえなさそうですけど。

cyama さん、 goodtimes さん。
またも私が話をややこしくしてしまったみたいでごめんなさい。

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・カテゴリ一覧は正常表示（但し、>>（リストマーク？）が一つ余分に出た）

とのことなので、 sidebar.php の ul 内で分岐されているようですね。この場合でしたら、私のコードの <ul> と </ul> は確かに不要です。
ということで、 sidebar.php 内でこちらでもテストしましたが、私の環境では goodtimes さんのコードで大丈夫でした (echo は削除)。もしかすると他のカスタマイズ箇所が影響していませんか?　あるいはそのコードを記述する場所が、処理上、不都合な場所だった可能性もあります。
is home などの部分は、 HTML のコメント <!-- --> にして、ソース上で確認した方が無難です。

HTML のコメント <!-- --> については、 goodtimes さんの最初に提示されたコード内でも使われていましたので、了解済みのことと思い、そのように書きました。あとは cyama さんが説明してくださったとおりです。

echo 文は echo ‘foobar’; でも echo( ‘foobar’ ); でも大丈夫です。
if 文も if {} でも if : … endif; でも大丈夫です。ある意味好みです。

ここから先へ話を進めるには、コードの記述位置や他のカスタマイズ箇所を見せて頂く必要があるかもしれません。
# CSS は特にカスタマイズされていないのですよね?

==== 質問 1, 4 について ====
例えば、日本語を含むマルチバイト文字を使用する場合、 WordPress 日本語版は UTF-8 を使用していますので、テーマのファイルも文字コードを UTF-8　(BOM なし) にて保存しないと文字化けします。半角英数字や半角記号などの 1 バイト文字はうまく処理されるのですが、マルチバイト文字を含むファイルをうっかり別の文字コードで保存したりすると、文字化けが起こって、それがどこかで悪さをする可能性は十分にあります。 WordPress のテーマをカスタマイズする際は大前提として、 UTF-8 (BOM なし) で保存できるエディタを使う必要があります。

文字コードに関しては、私は正しい知識を持っているとは言えないので (多分間違ってはいない認識、くらいなので) 掘り下げて説明することができません。

==== 質問 2 について ====
1 行のみのコードの場合、あるいは if 文などのブロックの最終行、コードの最終行などでは ; を省略することが出来ます。これは ; が文の終わりを意味するものだからです。

ただ、ミスを誘発しますから、文の終わりには必ず ; をつけた方がよい、とされているみたいです。 cyama さんのコードの場合も好みか、あるいは書き漏らしだと思います。

==== 質問 3 について ====

メッセージがでるものはＰＨＰの文章の問題
メッセージがでずに表示ごとされなくなったりするのはＨＴＭＬの問題と思えばいいですか？

厳密にはそうではないかもしれませんが、基本的にはそのような理解でも OK じゃないかと思います。 PHP の構文そのものが間違っていて、それが以降の処理に響くような場合、 PHP はエラーを出力してくれますが、文法はあっているけど処理がまずくて出力結果が思っていたのと違うとか、 HTML の文法が正しくなく、ちゃんと表示されないといったような場合、そしてブラウザごとの表示の不具合までは、さすがに面倒を見てはくれない、ということですね。

もし自分の書いた処理の結果が思ったものではなく、何が原因かを探したいなら、独自に if 文などでエラー処理を作成すればいいですし、特定の変数がどんな値を保持しているかをチェックしたいなら print_r() や var_dump() に変数を渡せばよいです。
if 文や ; についてもそうですが、 PHP については　PHP マニュアルをお読みになるのが一番だと思います。ネットで閲覧できますし、 CHM 形式での入手も出来ます。

またテーマ作成にあたっては、丁寧に作ろうとするならば、 PHP の文法が正しいかどうかだけではなく、 HTML の文法が正しいかどうか、 CSS の文法が正しいかどうかをそれぞれチェックする必要があります。それには W3C の HTML Validator や CSS Validator などが結構役立ちます。

# だいぶ WordPress から離れてしまっているので、この辺で私からの回答は終わりとさせていただきます:-)

こんにちは＾＾

解決してよかったです。ちなみに、、漏れです・・・Orz

goodtimes さん

すみません、終わりといいましたが、書き漏らしがありましたので追記させてください。

・<!– –>は、HTML文章内、<?php ?>の括弧内　どちらでもコメントアウトできる

これは誤りです。 <?php <!-- --> ?> というコードは無効です。 <?php echo '<!-- コメント -->'; ?> は HTML のコメントを出力しているだけです。また、

・//ではコメントアウトできないが、何か悪さをする??（今回で疑惑）

これも誤りです。 // は <?php ?> タグ内では、他のプログラム言語と同じく、同じ行の // 以降をコメントアウトできますし、何も悪さはしません。他には、 # も使えますが、推奨されていません。
また /* */ は、ご存じかもしれませんが　/* /* */ */ のように他の /* */ コメントを中に含めることができません。

<?php echo 'echo'; // echo を echo ?>

<?php /*
// は複数行コメントの中にあっても大丈夫。
*/ ?>

まとめ直すと、

• <?php ?> タグの内部と外部はそれぞれ PHP と HTML として切り分けて考える。 HTML でのコメントと PHP でのコメントは全く別もの。 HTML コメントは HTML のソースに含まれるので HTML のため、 PHP のコメントは PHP コードのために使う。
• HTML のコメントは <!-- --> で。
• PHP タグ内の単一行のコメントは // で。
• PHP タグ内の複数行のコメントは /* */ で。 /* */ の中に /* */ があっては駄目。

という感じです。