IE9でトップページ以外が404になる

example.com/wp/にwordpressをインストール。
オリジナルテーマを作成したのですが、

パーマリンクをデフォルト以外に設定すると、
IE9でexample.com/wp/は正常に表示され、それ以外（下層）のページは一瞬正常に表示されますが、すぐに「webページが見つかりません　HTTP404」になってしまいます。
twintyxxxなどで他のテーマではパーマリンクをカスタマイズしても正常に表示されるので、
オリジナルテーマでの不具合だと思われます。

パーマリンクをカスタムし、
かつIE9で正常表示させたいのですが、どこを触ればいいかわからず、止まってしまいました。

.htaccessファイルを以下のように記述しWPインストールフォルダに設置しています。
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /wp/
RewriteRule ^index\.php$ – [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /wp/index.php [L]
</IfModule>

WordPress 3.8を使用

アドバイス何卒よろしくお願い致します。