index.phpがindex.htmlにリダイレクトされてしまう

php とhtml を共存させている目的を教えて下さい。

– wp-includes/ ディレクトリのファイルを更新するのはバッドプラクティスです
– テーマに一行追加したら、今後はこの件を気にしないでWordPressの更新ができるようになります
– そのためには何がしたいのかを明確に教えてもらう必要があります
– php とhtml を共存させているディレクトリというのはどこですか？トップページのことでしょうか？WordPressが置いてあるところですか？

gradmin さん、こんにちは。
確認用なのですね。
それでしたら、

– example.com/toppage/ という固定ページを作成して、そこで表示を確認。この際、固定ページテンプレートを利用する。
– リリース作業時には、 [一般 > 設定 > 表示設定 > フロントページの表示欄 > 固定ページ > フロントページのドロップボックス] で、該当のページをフロントページに指定する。

というやり方がおすすめです。

蛇足ですが、

回答としてcanonical.phpの修正がありました。
https://ja.forums.wordpress.org/topic/1493?replies=2　　
また、この方法はgoogle検索すると他のサイトでも紹介されており、一般的な解決方法のように思えました。

とのこと。IKEDA Yurikoさんも書かれていますが、これは推奨のやり方ではないです。コアファイル（）には触らない、というのはバグが出ない（出たとしたらWordPressのバグだとはっきり分かる）、アップデートに対応できる（マイナーバージョンのアップデートは自動で走ります）など、幾つかの理由から、問題が起こりにくい推奨の方法です。
正しい姿 とYurikoさんも書かれている通り、固定ページテンプレートの利用がスマートだと思います。
ただ、

オープンするまでの一時的な共存なので、直接wp-includesを修正するのは良くないのですが、簡単な対応方法なのでそうしていました。

ということですので、数日間のことなら、それはそれでgradminさんの自由ではあります。（ただ、現状ではできなくなってしまったのですよね？他のやり方はちょっと簡単には分からないです。）。