Internal Server Errorで表示、ログインできない

いつもお世話になっております。

一つのサーバー内にwordpressを2つインストールしています。

http://www.aaa.or.jp/
http://www.aaa.or.jp/wordpress/

一つは独自ドメインで、もう一つはそのサブドメインを使っています。

2つ目のwordpressをインストールしてから、wordpressで編集中に
頻繁にInternal Server Errorというメッセージが表示されていたのですが、
そのまま戻るボタンで戻って編集を続けておりました。

ところが、ついにそれぞれwordpressを2つともにホームページ、編集画面もInternal Server Errorというメッセージが出てどうすることもできなくなりました。

サーバはさくらサーバーを使っており、サーバのコントロールパネルもグレーアウトしてさわれなくなっている状況です。
現在サポートセンターにメールで問合せ中ですが、
いつ返事がもらえるのか、そして的確な返答がもらえるかもわからず困っております。

ネットで調べたところ、.htaccessとかデータベースが問題かもとまでは思っているのですが、知識がなく修正方法が全くわからない状況です。
.htaccessは
http://www.aaa.or.jp/
にははいっていましたが、もう一つは作成しておりませんでした。
データベースは最近のバックアップを取っておらず、コントロールパネルにログインできないため、バックアップを取って、再作成する方法が分からない状態です。

何か復旧のお知恵をおかりできないでしょうか。
よろしくお願いします。