jsファイルは何処に置いても構いませんが、利用しているテーマフォルダが分かりやすいと思います。
jsファイルを読み込むscriptタグは、header.phpのheadタグ内に記述するといいでしょう。
もしjsファイルがjQueryのライブラリなのでしたら、wp_enqueue_script()を利用するといいです。
スクリプトの依存関係を調べて読み込んでくれるので便利です。
wp_enqueue_scriptで外部のjQueryライブラリを使う | Shifft – Web Design & Development
フォーラム » テーマ » ヘッダ部分wp_headの制御
固定ページだけで利用するのでしたら、条件分岐タグを利用すると、必要のないページでは読み込ませずに済みます。
条件分岐タグ#WordPress ページ – Codex 日本語版
デフォルトテーマのTwenty Elevenのheader.phpが参考になります。
if ( is_singular() && get_option( 'thread_comments' ) )
wp_enqueue_script( 'comment-reply' );
// この辺りに記述します。
if ( is_page() ) // すべての固定ページに読み込む場合
wp_enqueue_script( ~ );
popupさんありがとうございます。
読み込めましたが、動きません。
このファイルはIEで動作していたものを移植しようとしています。
もう少し頑張ります。お礼を先にと思いました。
IE8以降なら開発者ツールがありますので、’F12’で起動して[スクリプト]タブでエラーが出ていないか確認すると原因が分かるかもしれません。
あとはエラー文でWeb検索してみてください。
3.4.2にVerupしたらOKでした。
popupさんありがとうございました。