jQueryのコードをhtmlからwordpress上に移植すると動かない

こんにちは、

質問の趣旨とは異なりますが、古いブラウザへの対応が厳しくなければ、CSSだけで出来ると思いますが、どうですか？

例
http://jsfiddle.net/kumarmuthaliar/GG9Sa/1/

CSSをちょっと変更

#content .modalDialog {
    position: fixed;
    font-family: Arial, Helvetica, sans-serif;
    top: 0;
    right: 0;
    bottom: 0;
    left: 0;
    background: rgba(0, 0, 0, 0.8);
    z-index: 99999;
    opacity:0;
    -webkit-transition: opacity 400ms ease-in;
    -moz-transition: opacity 400ms ease-in;
    transition: opacity 400ms ease-in;
    pointer-events: none;
}
#content .modalDialog:target {
    opacity:1;
    pointer-events: auto;
}
#content .modalDialog > div {
    width: 400px;
    position: relative;
    margin: 10% auto;
    padding: 5px 20px 13px 20px;
    border-radius: 10px;
    background: #fff;
    background: -moz-linear-gradient(#fff, #999);
    background: -webkit-linear-gradient(#fff, #999);
    background: -o-linear-gradient(#fff, #999);
    color:#000;
}
#content .close {
    background: #606061;
    color: #FFFFFF;
    line-height: 25px;
    position: absolute;
    right: -12px;
    text-align: center;
    top: -10px;
    width: 24px;
    text-decoration: none;
    font-weight: bold;
    -webkit-border-radius: 12px;
    -moz-border-radius: 12px;
    border-radius: 12px;
    -moz-box-shadow: 1px 1px 3px #000;
    -webkit-box-shadow: 1px 1px 3px #000;
    box-shadow: 1px 1px 3px #000;
}
#content .close:hover {
    background: #00d9ff;
}

で、こちらの環境だと、Twentyfifteenで動作するようですが、

勉強用という事なら

http://wpdocs.osdn.jp/%E9%96%A2%E6%95%B0%E3%83%AA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B9/wp_enqueue_script

jQuery noConflict ラッパー　あたりを読んでみてください

$(function(){

を

jQuery(function($){

に書き換えてみるとどうですか？

または、

(function($) {

// code...

})(jQuery);

余談

WordPressで使っている jQuery 以外のバージョンを使う必要がある場合は、本体への副作用が出るといけないので、

deregister するよりも

https://core.trac.wordpress.org/ticket/22896#comment:30

にあるような方法がいいかも、、、でも、言ってる本人もよくわかっていないんですが、、、

http://tenman.info/labo/snip/files/test-1.gif

(function($) {

    //モーダルウィンドウを出現させるクリックイベント
    $("#modal-open").click( function(){

            //キーボード操作などにより、オーバーレイが多重起動するのを防止する
            $( this ).blur() ;	//ボタンからフォーカスを外す
            if( $( "#modal-overlay" )[0] ) return false ;		//新しくモーダルウィンドウを起動しない (防止策1)
            //if($("#modal-overlay")[0]) $("#modal-overlay").remove() ;		//現在のモーダルウィンドウを削除して新しく起動する (防止策2)

            //オーバーレイを出現させる
            $( "body" ).append( '<div id="modal-overlay"></div>' ) ;
            $( "#modal-overlay" ).fadeIn( "slow" ) ;

            //コンテンツをセンタリングする
            centeringModalSyncer() ;

            //コンテンツをフェードインする
            $( "#modal-content" ).fadeIn( "slow" ) ;

            //[#modal-overlay]、または[#modal-close]をクリックしたら…
            $( "#modal-overlay,#modal-close" ).unbind().click( function(){

                    //[#modal-content]と[#modal-overlay]をフェードアウトした後に…
                    $( "#modal-content,#modal-overlay" ).fadeOut( "slow" , function(){

                            //[#modal-overlay]を削除する
                            $('#modal-overlay').remove() ;

                    } ) ;

            } ) ;

    } ) ;

    //リサイズされたら、センタリングをする関数[centeringModalSyncer()]を実行する
    $( window ).resize( centeringModalSyncer ) ;

            //センタリングを実行する関数
            function centeringModalSyncer() {

                    //画面(ウィンドウ)の幅、高さを取得
                    var w = $( window ).width() ;
                    var h = $( window ).height() ;

                    //コンテンツ(#modal-content)の幅、高さを取得
                    var cw = $( "#modal-content" ).outerWidth( {margin:true} );
                    var ch = $( "#modal-content" ).outerHeight( {margin:true} );

                    //センタリングを実行する
                    $( "#modal-content" ).css( {"left": ((w - cw)/2) + "px","top": ((h - ch)/2) + "px"} ) ;

            }

})(jQuery);

で、こちらでは動作しています　:)

<?php
function register_jQuery(){
wp_enqueue_style( 'modal', get_stylesheet_directory_uri() . '/css/modal.css');

    wp_deregister_script('jquery');
	$url = 'https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.4/jquery.min.js';
	wp_register_script('jquery', $url);
	wp_enqueue_script('jquery');
	wp_enqueue_script('modal', get_stylesheet_directory_uri() . '/js/modal.js', array('jquery'), NULL, true);
}
add_action('wp_enqueue_scripts', 'register_jQuery');
/**
 * Twenty Fifteen functions and definitions
 *
 * Set up the theme and provides some helper functions, which are used in the
 * theme as custom template tags. Others are attached to action and filter
 * hooks in WordPress to change core functionality.
 *

jsファイルがキャッシュされていて、変更が行われていないとかという事も起きるかも

wp_enqueue_scriptの第4引数　NULLにしているようですが、NULLだとバージョン番号が追加されず、キャッシュの更新が行われずらくなりますよ。
バージョンは、キャッシュ削除用の設定みたいなものなので、、、