jqueryの使い方(マークアップしたhtmlの設置場所)

　初歩的な質問ですいません。最近wordpressでhtmlを始めた入門者です。
まず、私がやったことは、jqueryを使おうとファイルをテーマの直下に置き、そして必要な部分をhead.phpに書き足しました。しかし、

<ul id="slider">

<li><a href="#"><img src="images/image01.jpg" alt=""></a></li>
//省略

という部分をhtmlにマークアップしなければいけないらしいのですが、そもそもindex.htmlはwordpress(またはテーマ？)のフォルダーの中にありません。jquery導入以前のお話っぽいですが、何かヒントを頂けたらと思っております。
　　　　　　　　　　　　　　よろしくお願いします。